Para desabilitar um breakpoint, desmarqueo check box próximo ao breakpoint's entrada no Source list pane:
Alternativamente, ativar o menu de contexto enquanto o ponteiro do mouse estiver sobre a entrada do breakpoint no source list pane, e selecione "Desabilitar breakpoint".
Você pode também remover um brekpoint somente apertando na seta que o representa.
Para desabilitar/habilitar todos os breakpoints, use o "Toggle all breakpoints" botão no Source list pane: